Twarz królowej
Porównując szczegóły twarzy, takie jak oczy i usta, wyraźniej niż w badaniach technologicznych dostrzegamy, że każdy portret został namalowany inną ręką. Niektóre z nich mogły jednak pochodzić z tego samego warsztatu.
Klejnoty
Ciekawostką są klejnoty królowej. Na wszystkich portretach widnieje na szyi kameryzowany krzyż ozdobiony kamieniami. Oryginał, niegdyś znajdujący się w kolekcji Izabeli Czartoryskiej, znamy ze starych fotografii. Na obrazie z Zamku Królewskiego na Wawelu krzyż został odtworzony z niezwykłą precyzją, najprawdopodobniej bezpośrednio z natury. Na czterech wizerunkach królowej widnieje również medalion Bractwa św. Anny. Medalion z portretu wilanowskiego jest dobrze zachowany i można odczytać napis w otoku, podobnie jak na wizerunkach z Muzeum Narodowego i Zamku Królewskiego w Warszawie. Natomiast ten z Katedry Wawelskiej ze względu na zły stan zachowania obrazu można odtworzyć tylko na podstawie badań fizykochemicznych.
Inskrypcja
Wszystkie obrazy zawierają inskrypcje identyfikujące portretowaną jako „Annę Jagiellonkę, Królową Polski”. Napisy na obrazach z Katedry Wawelskiej, Pałacu Wilanowskiego i Muzeum Narodowego są podobne pod względem treści i kroju liter. Portret z Zamku Królewskiego w Warszawie ma jedynie monogram tytularny, natomiast na obrazie z Zamku Królewskiego na Wawelu znajduje się inskrypcja w języku niemieckim.
Kotara
Istotnym elementem analizowanych dzieł jest kotara umieszczona w prawym górnym rogu obrazów. Najbardziej ozdobna i misternie wykonana widnieje na portrecie z Zamku Królewskiego na Wawelu. Jej szczegółowość i sposób malowania świadczą o niezwykłym kunszcie artysty. Styl wyraźnie różni się od pozostałych przedstawień. Na trzech portretach obecność draperii ujawniły dopiero badania fizykochemiczne, wskazując, że jest ona wspólnym elementem mogącym łączyć dzieła pod względem warsztatowym. Badania przy użyciu rentgenogramu (RTG) i makroskanera fluorescencji rentgenowskiej (MAXRF) wykazały, że na fałdach kotary w wersjach z Katedry Krakowskiej, Pałacu w Wilanowie i Muzeum Narodowego w Warszawie widoczne są charakterystyczne zygzakowate światła. Ta cecha łączy te trzy obrazy i występuje także na innych portretach autorstwa Marcina Kobera. Badania ujawniły również ślady kotary pod przemalowanym tłem w narożniku wersji z Zamku Królewskiego w Warszawie, choć trudno określić, na ile jest ona obecnie zachowana.
Korona i herb
Korony królewskie widoczne na czterech obrazach mają podobne podstawy. Ozdobione są kamieniami i perłami, ale różnią się kształtem i liczbą detali. Choć przedstawione są tylko we fragmentach, stanowią ważny element kompozycji, dając nam wyobrażenie o wyglądzie nieistniejącego dziś insygnium.
W lewym górnym rogu czterech wersji widnieje herb Rzeczypospolitej Obojga Narodów z herbem rodowym Anny Jagiellonki na tarczy sercowej. Herby różnią się najbardziej dekoracyjną bordiurą.